Inhaltlich dreht sich die Serie rund um die (Experimentelle) Kloneinheit 99, eine Elite-Einheit von genetisch manipulierten Klonkriegern. The Bad Batch handelt von der Einheit, bestehend aus den Soldaten Sergeant Hunter, Wrecker, Tech, Crosshair und Echo, und deren Missionen nach der Machtübernahme des Galaktischen Imperiums unter Imperator Palpatine. Die Handlung erzählt von den Geschichten der Schaden-Charge (eng. Bad Batch), welche im Star-Wars-Kanon das erste Mal in der siebten Staffel der Serie Star Wars: The Clone Wars ihren Auftritt feierten. Generell spielen die Ereignisse zwischen Star Wars: The Clone Wars und Star Wars Rebels, genauer gesagt kurz nach der Ausführung der Order 66.

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